A pesca em São Sebastião é uma atividade que ainda permite a subsistência do caiçara apesar do mar não estar pra peixe há muito tempo. Segundo o Comitê Editorial do Instituto da Pesca São Sebastião está dividido em quatro áreas com o objetivo de reunir os pontos de desembarque do pescado no Bairro de São Francisco, Região do Porto de São Sebastião, Costa Norte de São Sebastião e Costa Sul de São Sebastião sendo que os desembarques no bairro de São Francisco acontecem no Beco da Escola, Cooperativa de Pesca de São Sebastião, Gordo, Gringo, Praça da Igreja, Praça dos Pescadores e Vice-Rei. Outros pontos de descarga da região portuária são a prainha do Tebar, Praia de Barequeçaba, Pontal da Cruz, Praia do Deodato ou Baía do Araçá e Rancho Pararanga, havendo apenas ranchos de pesca e embarcações miúdas que utilizam esses locais. Elas executam viagens curtas e não utilizam gelo a bordo porque alguns pescadores optam pela salga para conservar o pescado. Os pontos de desembarque da costa norte de São Sebastião são Praia de Cigarras, Praia da Enseada e Canto do Mar

Na costa sul existem nove localidades de descarga, no Toque-Toque Grande,Toque-Toque Pequeno, Paúba, Santiago, Boiçucanga, Juquehy, Barra do Sahy, Maresias e Boracéia e com exceção da praia do Paúba, pontos de descarga não apresentam infraestrutura pesqueira para atender a atividade. A pesca está voltada para a economia local e para o turismo com atividade pesqueira tipicamente artesanal e quem pode, aproveita para comprar o pescado no local e depois saboreia um peixe bem fresquinho.