O município de São Sebastião tem um porto público administrado pela Companhia Docas de São Sebastião vinculada à Secretaria de Estado de Logística e dos Transportes de São Paulo. É considerado o terceiro mais importante porto do mundo em profundidade e localização e recebe os maiores navios do mundo. Movimenta barrilha, sulfato de sódio, malte, cevada, trigo, produtos siderúrgicos, máquinas e equipamentos, bobinas de fio de aço, veículos, peças, máquinas e equipamentos, virtualhas, produtos siderúrgicos e cargas gerais.

É o primeiro porto público a receber a certificação ambiental ISO 14.001 e a ter um plano contra vazamento de óleo aprovado pelos órgãos ambientais. Ocupa também o primeiro lugar em qualidade de gestão ambiental segundo o índice de Desempenho Ambiental Portuário da ANTAQ

Em 17 de dezembro de 2013, a Companhia Docas de São Sebastião recebeu do IBAMA a Licença Prévia para as fases 1 e 2 do projeto de ampliação do Porto de São Sebastião que possibilita que sua área portuária passe dos atuais 400 mil m2 para 800 mil m2 de operações. O investimento previsto nesta etapa foi de R$ 2 bilhões. A Licença Prévia Nº 474/2013 concedida pelo IBAMA contemplou obras importantes para o desenvolvimento portuário como a construção dos berços 2, 3 e 4. Cada berço tem 300 m de comprimento por 40 m de largura, profundidade mínima de 16 m e será destinado a navios de última geração. Em razão de inúmeros questionamentos a ampliação do porto foi interrompida causando prejuízos ao mercado devido aos prejuízos ambientais apontados pela promotoria do Gaema, Grupo de Atuação Especial do Ministério Público

A  duplicação da Rodovia dos Tamoios e as obras de ampliação do porto segundo  pesquisadores do Gaema  são prejudiciais. Eles afirmam que a “ população da cidade poderá aumentar de 80 mil para 250 mil habitantes até 2025, colocando uma pressão imensa na demanda por habitação, empregos e serviços públicos como saneamento básico e segurança, num município que não tem muito para onde crescer, “espremido” entre o Parque Estadual da Serra do Mar e o oceano.”

Outro fator complicador para a ampliação seria o impacto sobre a Baia do Araçá.

Em nota a Companhia Docas estranhou “a existência de um parecer técnico emitido por um órgão sem poder licenciador, ao qual não compete a análise de impactos ambientais do processo de licenciamento”. Texto de Luzia Prado e foto Porto de São Sebastião